NEMD设置热浴，将nvt修改成langevin需要注意的事项（热流都为正数的问题处理）

 

上图是NEMD计算使用NVT进行热浴的设置，需要注意的是在进行fix nve时，需要排除固定的部分和热源热汇部分，不然会导致热流都为正数
而使用langevin热浴时，需要将fix nve这一步将所有原子包括进去，即fix all，同时在设置langevin热浴计算时需要加上随机seed以及tally yes，详情在上图中可以了解




评论

发表评论

此博客中的热门博文

构建NEP与LAMMPS的接口，并且使用NEP势结合phonolammps画声子谱

 首先，我们根据https://github.com/brucefan1983/NEP_CPU这个教程安装好NEP_CPU，同时编译的时候需要make no-all ，然后再make yes.....soon 上面那一步比较简单，后面的安装才是折磨的开始，因为一开始使用nep势跑lammps优化挺成功，结果到了phonolammps扩胞就无法识别nep势了，我猜测是phonolammps接口接到dp的lmp去了，然后我重新安装了python，创建一个新的和完整lammps的接口，注意这里python安装3.6的，因为太新的集群的openssl版本太老用不了。用pip3安装phonolammps后，后面应该没啥大问题了，在八号节点上使用phonolammps会报错找不到libcuda.so.1，连接到七号节点就成功了
阅读全文

VASP优化时报错WARNING: Sub-Space-Matrix is not hermitian in DAV

 首先按照百度上的解决办法将默认的AMIX=0.4改为0.2，但尝试过后仍然报同样的错误 同时也尝试过修改POTIM，减少POTIM也是报这个错误。 vasp的wiki中给出了几种可能： 1、因为给出了不合理的输入几何结构 解决办法：修改输入结构 2、 初始化并行化 ISIF=3 松弛时遇到错误 解决方案：在某些情况下，将 NPAR=4 替换为 NCORE=16 可以解决问题 3、读取 CHGCAR 文件时出现问题（例如抱怨在 k 点网格更改后尺寸已更改） 解决方案：删除 CHGCAR 文件并从头开始密度
阅读全文

pip问题

  # 0. 简介 由于ETlab计算集群的dns存在未配置的情况，在需要联网的服务（例如安装python环境等）会出现问题，体现为对域名的访问会报错“未知的名称或服务”，而对IP的访问不受影响。具体体现为。 ```shell nslookup www.baidu.com ;; connection timed out ; no servers could be reached nslookup www.baidu.com 223.5.5.5 Server:         223.5.5.5 Address:         223.5.5.5#53 Non-authoritative answer: www.baidu.com   canonical name = www.a.shifen.com. Name:   www.a.shifen.com Address: 183.2.172.185 Name:   www.a.shifen.com Address: 183.2.172.42 Name:   www.a.shifen.com Address: 240e:ff:e020:9ae:0:ff:b014:8e8b Name:   www.a.shifen.com Address: 240e:ff:e020:966:0:ff:b042:f296 ``` 而利用代理方法是解决该问题一个方便快捷的方式，本文旨在介绍基于mihomo(clash.meta)的解决方案。 # 1. 在Linux中运行mihomo 该教程不仅适用于ETlab集群，也可运用于任意linux系统。本文仅介绍mihomo的实现方式，sing-box、*ray系用户自行解决。 ## 1.1 mihomo下载 下载：[ mihomo ]( https://github.com/MetaCubeX/mihomo/releases/download/Prerelease-Alpha/mihomo-linux-amd64-alpha-de19f92.gz )、[ GeoSite.dat ]( https://fastly....
阅读全文