获取单个POTCAR的办法 获取链接 Facebook X Pinterest 电子邮件 其他应用 九月 25, 2022 cat /public/software/vasp/POTCAR/PBE/{As,B,H,Ga,N}/POTCAR >|POTCAR单个元素不加括号 获取链接 Facebook X Pinterest 电子邮件 其他应用 评论
构建NEP与LAMMPS的接口,并且使用NEP势结合phonolammps画声子谱 四月 05, 2023 首先,我们根据https://github.com/brucefan1983/NEP_CPU这个教程安装好NEP_CPU,同时编译的时候需要make no-all ,然后再make yes.....soon 上面那一步比较简单,后面的安装才是折磨的开始,因为一开始使用nep势跑lammps优化挺成功,结果到了phonolammps扩胞就无法识别nep势了,我猜测是phonolammps接口接到dp的lmp去了,然后我重新安装了python,创建一个新的和完整lammps的接口,注意这里python安装3.6的,因为太新的集群的openssl版本太老用不了。用pip3安装phonolammps后,后面应该没啥大问题了,在八号节点上使用phonolammps会报错找不到libcuda.so.1,连接到七号节点就成功了 阅读全文
将deepmd的数据集转换成GPUMD的数据集并训练(包含GPUMD的安装) 四月 03, 2023 首先安装GPUMD需要自己装一个CUDA,这里我安装了CUDA11.5,同时安装过程中需要注意只安装toolkit就可以了,其他的不需要安装,注意在options修改安装路径,之后再GPUMD/src目录下修改makefile(主要修改sm-86就行),修改完直接make就能安装好。 首先在github找到 deep2nep.py的脚本,将dp的数据集按照例子要求存放,然后 python nep2xyz.py deepmd 完成将会得到train.in,但是训练需要将它分成训练集和测试机,这里我们需要用到樊老师的split_train.cpp脚本,输入命令g++ -std=c++11 -O3 split_train.cpp,会得到a.out文件,然后输入命令./a.out test_size(test_size需要自己设置),最后还需要使用nep2xyz.py脚本,分别将训练集和测试集转换一下,就可以训练nep了! 阅读全文
ETlab集群安装lammps历程 四月 05, 2023 首先,我们要安装cuda11.5,如何安装在上一个博文提到过。 然后我们根据这里的教程https://blog.csdn.net/weixin_43205202/article/details/88261607 同时注意,需要全程链接到GPU节点上安装! 同时自己安装好fftw,openmpi使用集群的mpi(关键) 编辑lammpsGPU模块,这一步很关键,修改CUDAhome,然后改成SM_86,安装好后用 ./nvc_get_devices测试是否成功。 然后后面就是make了,这个问题不大,很容易就能装好。 阅读全文
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