dpGEN安装过程报错：ImportError: libffi.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory

首先我们百度发现这个库是在conda的lib文件夹下
然后我们打开集群公共软件中conda下的lib文件夹有这个so库
然后在环境变量中加入这个路径



后续
由于这里改了动态库的定向，结果导致了后面在运行vasp的时候出现报错
/public/bin/vasp533_xy: symbol lookup error: /public/bin/vasp533_xy: undefined symbol: mkl_lapack_ao_zgetrf
一开始还不知道是因为上面修改了动态库的原因，通过查阅资料对于该问题大部分的问题原因都是动态库的版本过旧，导致应用程序找不到对应的符号而引起的，才想起是应该是环境变量里修改了动态库的原因。解决办法就是把环境变量
export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/anaconda3/lib:$LD_LIBRARY_PATH
注释掉，理论上应该在安装完dpgen之后就删掉这个环境变量就好了。

评论

发表评论

此博客中的热门博文

构建NEP与LAMMPS的接口，并且使用NEP势结合phonolammps画声子谱

 首先，我们根据https://github.com/brucefan1983/NEP_CPU这个教程安装好NEP_CPU，同时编译的时候需要make no-all ，然后再make yes.....soon 上面那一步比较简单，后面的安装才是折磨的开始，因为一开始使用nep势跑lammps优化挺成功，结果到了phonolammps扩胞就无法识别nep势了，我猜测是phonolammps接口接到dp的lmp去了，然后我重新安装了python，创建一个新的和完整lammps的接口，注意这里python安装3.6的，因为太新的集群的openssl版本太老用不了。用pip3安装phonolammps后，后面应该没啥大问题了，在八号节点上使用phonolammps会报错找不到libcuda.so.1，连接到七号节点就成功了
阅读全文

将deepmd的数据集转换成GPUMD的数据集并训练（包含GPUMD的安装）

图片
  首先安装GPUMD需要自己装一个CUDA，这里我安装了CUDA11.5，同时安装过程中需要注意只安装toolkit就可以了，其他的不需要安装，注意在options修改安装路径，之后再GPUMD/src目录下修改makefile（主要修改sm-86就行），修改完直接make就能安装好。 首先在github找到 deep2nep.py的脚本，将dp的数据集按照例子要求存放，然后 python nep2xyz.py deepmd 完成将会得到train.in，但是训练需要将它分成训练集和测试机，这里我们需要用到樊老师的split_train.cpp脚本，输入命令g++ -std=c++11 -O3 split_train.cpp，会得到a.out文件，然后输入命令./a.out test_size（test_size需要自己设置），最后还需要使用nep2xyz.py脚本，分别将训练集和测试集转换一下，就可以训练nep了！
阅读全文

ETlab集群安装lammps历程

 首先，我们要安装cuda11.5，如何安装在上一个博文提到过。 然后我们根据这里的教程https://blog.csdn.net/weixin_43205202/article/details/88261607 同时注意，需要全程链接到GPU节点上安装！ 同时自己安装好fftw，openmpi使用集群的mpi(关键) 编辑lammpsGPU模块，这一步很关键，修改CUDAhome，然后改成SM_86，安装好后用 ./nvc_get_devices测试是否成功。 然后后面就是make了，这个问题不大，很容易就能装好。
阅读全文