关于EMD热导率在在0附近震荡的情况

 

关于热导率在在0附近震荡的情况，在github上已经有了讨论，https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit/pull/1093。

主要原因是lammps根据樊老师15的PRB，更新了计算热流的方法，EMD的输入文件compute heat/flux命令需要做个小的修改。大家可以下载最新版的deepmd，然后改下EMD输入文件就可以了。应该EMD比以前更physical了







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构建NEP与LAMMPS的接口，并且使用NEP势结合phonolammps画声子谱

 首先，我们根据https://github.com/brucefan1983/NEP_CPU这个教程安装好NEP_CPU，同时编译的时候需要make no-all ，然后再make yes.....soon 上面那一步比较简单，后面的安装才是折磨的开始，因为一开始使用nep势跑lammps优化挺成功，结果到了phonolammps扩胞就无法识别nep势了，我猜测是phonolammps接口接到dp的lmp去了，然后我重新安装了python，创建一个新的和完整lammps的接口，注意这里python安装3.6的，因为太新的集群的openssl版本太老用不了。用pip3安装phonolammps后，后面应该没啥大问题了，在八号节点上使用phonolammps会报错找不到libcuda.so.1，连接到七号节点就成功了
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pip问题

  # 0. 简介 由于ETlab计算集群的dns存在未配置的情况，在需要联网的服务（例如安装python环境等）会出现问题，体现为对域名的访问会报错“未知的名称或服务”，而对IP的访问不受影响。具体体现为。 ```shell nslookup www.baidu.com ;; connection timed out ; no servers could be reached nslookup www.baidu.com 223.5.5.5 Server:         223.5.5.5 Address:         223.5.5.5#53 Non-authoritative answer: www.baidu.com   canonical name = www.a.shifen.com. Name:   www.a.shifen.com Address: 183.2.172.185 Name:   www.a.shifen.com Address: 183.2.172.42 Name:   www.a.shifen.com Address: 240e:ff:e020:9ae:0:ff:b014:8e8b Name:   www.a.shifen.com Address: 240e:ff:e020:966:0:ff:b042:f296 ``` 而利用代理方法是解决该问题一个方便快捷的方式，本文旨在介绍基于mihomo(clash.meta)的解决方案。 # 1. 在Linux中运行mihomo 该教程不仅适用于ETlab集群，也可运用于任意linux系统。本文仅介绍mihomo的实现方式，sing-box、*ray系用户自行解决。 ## 1.1 mihomo下载 下载：[ mihomo ]( https://github.com/MetaCubeX/mihomo/releases/download/Prerelease-Alpha/mihomo-linux-amd64-alpha-de19f92.gz )、[ GeoSite.dat ]( https://fastly....
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将deepmd的数据集转换成GPUMD的数据集并训练（包含GPUMD的安装）

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  首先安装GPUMD需要自己装一个CUDA，这里我安装了CUDA11.5，同时安装过程中需要注意只安装toolkit就可以了，其他的不需要安装，注意在options修改安装路径，之后再GPUMD/src目录下修改makefile（主要修改sm-86就行），修改完直接make就能安装好。 首先在github找到 deep2nep.py的脚本，将dp的数据集按照例子要求存放，然后 python nep2xyz.py deepmd 完成将会得到train.in，但是训练需要将它分成训练集和测试机，这里我们需要用到樊老师的split_train.cpp脚本，输入命令g++ -std=c++11 -O3 split_train.cpp，会得到a.out文件，然后输入命令./a.out test_size（test_size需要自己设置），最后还需要使用nep2xyz.py脚本，分别将训练集和测试集转换一下，就可以训练nep了！
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